表觀遺傳之RNA甲基化一?5mc甲基化

 

Hello大家好,我今天又給大家帶來表觀遺傳的第四集:RNA甲基化一 5mc甲基化,不知道大家有沒有期待呢?

 

通過觀看前面的劇情,我們了解到DNA 5mC甲基化。DNA中的5-甲基胞嘧啶(5-mC)是通過DNA甲基轉移酶在胞嘧啶環的5個碳原子上共價加成甲基而產生的。這個過程已經被充分研究,并且通常與基因表達的抑制有關。還觀察到在人類中,5-mC存在于各種RNA分子中,包括tRNA,rRNA,mRNA和非編碼RNA(ncRNA)。 在mRNA和ncRNA中至少發現了10,275個5-mC候選位點,覆蓋了轉錄組中總胞嘧啶殘基的10.6%,這個比率,確實值得被關注和研究呢。

 

5-甲基胞嘧啶(5-mC)

5-mC似乎在某些類別的ncRNA中富集,但在mRNA中相對較少。 但是,大多數(83%)候選位點都存在于mRNA中。 在這些轉錄物中,5-mC似乎在蛋白質編碼序列中被耗盡,但富含5'和3'UTR。 已知兩種不同的甲基轉移酶NSUN2和Dnmt2可以催化真核RNA中的5-mC修飾。 最近的數據強烈表明,RNA胞嘧啶甲基化會影響各種生物學過程的調控,例如RNA穩定性和mRNA翻譯。 此外,vtRNA中5-mC的丟失會導致異常加工成與Argonaute相關的小RNA片段,這些片段可以充當microRNA。 因此,vt ncRNA的加工受損可能會導致與NSun2缺陷相關的人類疾病。

 

今天就給大家安利一波針對RNA 5mC的產品。

 

1.P-9009,MethylFlash 5-mC RNA Methylation ELISA Easy Kit (Fluorometric),ELISA樣形式基于熒光的總5-mC RNA甲基化定量

 

該產品具有以下優勢和特點:

【1】快速:整個過程僅需2個小時40分鐘

【2】穩定:試劑盒的組成使測定具有較大的“信號窗口”,重復之間的差異較小。

【3】方便:固有的低背景信號,從而消除了板塊步驟的需要

【4】靈敏-檢測限可低至200 ng輸入RNA中的5-mC RNA的0.02%。

【5】特異性-對5-mC的特異性高,在指定的樣品RNA濃度范圍內與未甲基化的胞嘧啶或羥甲基化的胞嘧啶沒有交叉反應。

【6】通用–陽性和陰性對照均可檢測任何物種中的5-mC RNA甲基化

【7】準確-可按百分比比例分級的優化陽性對照,使測定更加準確并與HPLC-MS分析具有高度可比性

【8】靈活-帶孔微孔板格式使該測定可用于手動或高通量分析

 

簡單的操作步驟~~

RNA 5mC操作步驟

檢測效果~~

RNA 5mC檢測效果

圖p-9009:使用MethylFlash™5-mC RNA甲基化ELISA簡易試劑盒(熒光法)準確定量不同物種的各種RNA樣品中5-mC含量。 結果與通過MS-LC獲得的結果密切相關。

 

參考文獻:

【1】Park MH et. al. (January 2020). Mono-(2-Ethylhexyl)phthalate Regulates Cholesterol Efflux via MicroRNAs Regulated m<sup>6</sup>A RNA Methylation.Chem Res Toxicol.

【2】P-9007 piNext 5-mC RNA Bisulfite-Seq Easy Kit (Illumina),用于RNA亞硫酸氫鹽轉化,然后進行“后亞硫酸氫鹽”文庫制備過程。

 

該產品具有以下優勢和特點:

 

【1】高靈敏度和高效率:通過使用一種創新方法,通過隨機探測可以完整地標記亞硫酸氫鹽轉化的RNA的銜接子標簽,并阻止形成未標記或半標記的RNA片段,包括非條形碼(單重)和條形碼(多重) 文庫,可以高靈敏度和高效率可靠地制備文庫,從而為構建5mC RNA-seq文庫提供了可靠而可靠的方法。 優化的亞硫酸氫鹽RNA方法和增強的銜接子標簽消除了片段丟失和選擇偏倚,使輸入RNA可以低至5 ng,并提高了完全標記的cDNA文庫的效率。

 

【2】簡單且簡化的過程:整個過程可以在6個小時內完成。 無膠大小選擇/純化可節省時間并防止處理錯誤以及有價值的樣品丟失。

完全轉化:創新的試劑組合物可將未甲基化的胞嘧啶以大于99.9%的水平轉化為尿嘧啶,當使用指定范圍的樣品RNA時,甲基胞嘧啶向胸腺嘧啶(<0.1%)的轉化不存在或可忽略不計。

 

【3】 極為方便:該試劑盒包含RNA庫制備過程中每個步驟的所有必需組件,足以進行亞硫酸氫鹽的轉化,連接,純化,大小選擇和庫擴增,從而簡化了亞硫酸氫鹽RNA庫的制備過程,以獲得最可靠和一致的結果

 

【4】最小的偏差:超高保真HiFi擴增可實現亞硫酸氫鹽轉化的RNA文庫的可再生高產量,同時序列偏倚最小且錯誤率低。

 

【5】 廣泛的樣品適用性:起始材料可以是從各種組織/細胞樣品(例如新鮮和冷凍的組織),培養瓶或微孔板中培養的細胞中分離的總RNA。

 

5-mC RNA樣品適用性

圖p-9007:文庫片段的大小分布:使用EpiNext™5-mC RNA Bisulfite-Seq Easy Kit(Illumina)從50 ng小鼠RNA中制備亞硫酸氫鹽后cDNA文庫。

 

3.p-9003 Methylamp RNA Bisulfite Conversion Kit,用于穩健的、基于化學的亞硫酸氫鹽處理RNA甲基化胞嘧啶分析。

 

該產品具有以下優勢和特點:

【1】快速便捷的操作步驟,可在3小時內完成。

【2】當使用指定范圍的輸入樣品RNA時,完全或完全地將未甲基化的RNA胞嘧啶轉化為尿嘧啶(> 99.9%),而甲基胞嘧啶向胸腺嘧啶(<0.1%)的不正確/錯誤轉化或可忽略不計。

【3】強大的RNA降解保護,可防止90%以上的RNA丟失。

【4】隨附的對照引物對亞硫酸氫鹽轉化的RNA具有特異性,可用于測試亞硫酸氫鹽轉化是否已正確實現。

【5】少量輸入RNA可用于亞硫酸氫鹽轉化,每個反應低至5 ng。

【6】簡單,可靠且一致的反應條件。

 

RNA亞硫酸氫鹽測序分析

圖p-9003:RNA亞硫酸氫鹽測序分析:使用對亞硫酸氫鹽轉化的RNA特異的28S rRNA引物,對從MCF-7細胞分離的RNA進行亞硫酸氫鹽處理,cDNA合成和PCR擴增后測序。 未甲基化的胞嘧啶(#4、5、14)被轉化為尿嘧啶并被檢測為胸腺嘧啶,而甲基化的胞嘧啶(#8)保持不變。

 

下期預告:組蛋白修飾—組蛋白乙酰化,大家敬請期待噢~~

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