超燃神器GSCAlite-挖掘TCGA數據庫工具

 

GSCAlite來自華中科技大學生命科學院郭安源教授課題組開發,提供了一系列服務來執行基因組學(Expression, SNV, CNV and methylation)和免疫基因組(24個免疫細胞)分析。此外,結合臨床信息和小分子藥物,用戶可以挖掘候選生物標志物和有價值的小藥物,以進行更好的實驗設計和進一步的臨床試驗。GSCA整合了來自TCGA的33種癌癥類型和超過750種來自GDSCCTRP的小分子藥物的一萬個基因組數據。通過ImmuCellAI對24個免疫細胞進行了免疫基因組分析。

 

其中GSCA的4個主要功能模塊分別是ExpressionImmuneMutationDrug,?大家所感興趣的差異表達、GSEA、生存分析、GSVA、免疫細胞浸潤、CNV、DNA突變、DNA甲基化、藥物敏感性,以及上述多種因素間的關聯分析,它統統能做!工具地址戳這里:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/GSCA/

 

GSCA的4個主要功能模塊

 

今天就以其中的Mutations模塊做介紹,其他的三個模塊大家可探索一番,Mutations模塊涉及的內容包括SNV、CNV、甲基化,看下方介紹:

 

1、比如針對(PRAD)前列腺腺癌,我們輸入感興趣的基因ACTB, AR, FN1, FOS, JUN, MYL9,勾選SNV這部分就可以展示大家輸入的基因的突變數目、突變頻率、突變類型、突變對生存的影響(包括OS和PFS)。這部分里有漂亮的火柴圖用來展示每個基因上各個突變位點的突變率,有bar plot和oncoplot展示不同突變類型的比例和不同基因的突變頻數頻率。如下圖1

 

不同突變類型的比例和不同基因的突變頻數頻率

圖1.來源查詢截圖

 

2、CNV(拷貝數變異)部分則統計展示不同類型及其所占的比例、拷貝數變異與生存的關系、拷貝數變異與表達的關系。如圖2

 

不同類型及其所占的比例、拷貝數變異與生存的關系

圖2.來源查詢截圖

 

3、DNA甲基化這部分則給大家展示了基因的差異甲基化、DNA甲基化與生存的關系及DNA甲基化與表達的相關性。如圖3

 

DNA甲基化這部分則給大家展示了基因的差異甲基化

圖3.?來源查詢截圖

 

方便簡單的可以查詢到基因水平突變的分布,基因之間是否存在并發或互斥的突變以及其他類型的關聯分析,這么好用的挖掘TCGA數據庫工具,安利給大家。

 

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