如何使用Norgen碳化硅技術減少SARS-CoV-2的假陰性結果

 

您的COVID-19工作流程是否可能不如您設想的那樣準確?在COVID-19疫情開始時,研究人員和實驗室爭先恐后地開發了SARS-CoV-2測試試劑盒。通過大量的反復試驗,確定了標準測試方法,并在世界范圍內被廣泛接受。但是,如果有一種比現行標準方法更準確的檢測方法呢?

 

世界需要大規模檢測的解決方案,以有效排除假陰性,確保每個人的安全。如果繼續往下看,您會了解到可能有更準確的COVID-19檢測方法可用。
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COVID-19假陰性

 

假陰性是研究人員和臨床醫生在使用當前標準的SARS-CoV-2病毒RNA提取方法時面臨的最大挑戰之一。
COVID-19假陰性

 

通過鼻咽拭子或其它樣本采集方法采集到樣本后,將其存儲在病毒運輸介質(VTM)或通用運輸介質(UTM)中。這就是挑戰的開始。培養基常常不能有效地保存病毒RNA,因為它只能在室溫下穩定臨床樣本中的病毒RNA長達3天。這導致病毒RNA的快速降解/碎片化。此外,對于安全處理,VTM/UTM不能使樣品無傳染性。

 

SARS-CoV-2病毒RNA提取

病毒RNA碎片化為何那么重要?目前的RNA提取標準(基于二氧化硅磁珠的技術)不能有效地捕獲高度片段化的RNA。這是由于基于二氧化硅的技術傾向于結合更大的RNA序列。如果未完全捕獲片段化的病毒RNA,則在基于qRT-PCR的檢測中產生假陰性COVID-19結果的可能性將大大提高。

 

COVID-19 RNA提取方法的比較研究
COVID-19 RNA提取方法的比較研究

 

這與COVID-19標準化工作流程中的病毒RNA提取方法不一致,因此Norgen團隊進行了一項研究,將Norgen的提取方法與基于二氧化硅磁珠的技術進行了比較。目的是確定在捕獲SARS-CoV-2片段化病毒RNA的敏感性方面,不同的RNA提取方法是否存在差異。從Boca Biolistics(FL, USA)采購了44份臨床鼻咽拭子樣本。使用FDA?/?EUA批準的PerkinElmer?SARS-CoV-2實時RT-PCR檢測方法,對樣本進行預篩選,確認44份樣本為SARS-CoV-2陽性。

 

二氧化硅OR碳化硅?

 

研究了兩種RNA提取方法在檢測上述44種臨床樣品中檢測SARS-CoV-2病毒RNA的準確性方面的效率。

第一種方法是提取病毒RNA最常用的方法,傳統的基于二氧化硅磁珠的技術(Zymo Research的Quick-DNA / RNA Viral MagBead)提取病毒RNA。第二種方法是基于碳化硅的提取方法(Norgen唾液/拭子RNA純化試劑盒)。
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RNA純化技術

 

什么是最佳的RNA純化技術?
到這里事情逐漸變得有趣起來。使用這兩種方法提取RNA,并使用Norgen的2019-nCoV TaqMan RT-PCR Kit(Cat. TM67100)進行qRT-PCR檢測,針對CDC推薦的3個基因(N1、N2和RP)。

當比較兩種方法的qRT-PCR數據時,我們發現基于二氧化硅磁珠的提取方法對SARS-CoV-2真陽性樣本假陰性率為25%。在另一方面中,和基于二氧化硅磁珠的方法相比,基于碳化硅的提取方法產生了對SARS-CoV-2樣本的100%的真陽性率和更一致的Ct值。這些結果清楚地表明假陰性結果可以通過使用基于Norgen碳化硅(SiC)的技術而不是傳統的基于二氧化硅的技術來進行避免

 

qRT-PCR數據比較

 

如何改進您的COVID-19檢測RNA提取流程

 

碳化硅是一種新型的RNA提取技術,具有出色的RNA結合親和力——特別是對小的、高度降解的RNA片段,如病毒RNA。碳化硅對所有RNA序列具有一致的結合親和力,對GC的含量或大小沒有偏見。此外,碳化硅不需要任何載體RNA或諸如苯酚/氯仿之類的有害化學物質。
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為什么以前沒有聽說過基于碳化硅的RNA提取?

 

碳化硅是Norgen Biotek的RNA提取專利技術Norgen公司成立于1998年,總部位于加拿大安大略省,一直利用基于碳化硅技術為客戶從具有挑戰性的樣本中大幅度提高RNA的產量和質量。目前,Norgen的碳化硅(SiC)技術已用于FDA批準的COVID-19工作流程中,以進行24小時公共測試。

 

這對您來說意味著什么?

 

檢測實驗室必須使用最準確的技術,以確保可靠報告SARS-CoV-2病毒感染情況。基于標準二氧化硅磁珠的提取方法可能不是檢測SARS-CoV-2最準確的方法,正如在研究中看到的,假陰性率為25%。

現在是對整個篩查工作流程的質量進行評估的時候了——從采集生物樣本,到病毒RNA提取,再到SARS-CoV-2檢測——以最終保護全球人口的健康和安全。

 

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