SC2disease:單細胞測序的研究工具

今天介紹的數據庫針對單細胞測序的研究工具,數據庫名字叫:SC2diseasesSC2disease中收集了341種細胞類型和29種組織中與22種疾病有關的基因表達。囊括了目前已發表的22種疾病的單細胞測序研究,直接可以用!參考數據庫有:Disease,Ontology,MeSH,Gene Ontology,GWAS Catalog,KEGG,Uniprot,所以信息會很全面,大家快去圍觀吧!數據庫網址:http://easybioai.com/sc2disease/

 

SC2disease 單細胞測序

Fig 1|網站首頁圖

 

在網站首頁右側將有數據的疾病都已展示出來了,包括腫瘤和非腫瘤疾病的共22種,點擊選擇對應的疾病可了解,其中有每個疾病的詳細信息包括:Gene,Variable Name,Paper ID(PMID)等等。

SC2diseases
fig 2| 來源easybioai網站截圖(中文為瀏覽器翻譯)

 

例如我們已Melanoma為例,點擊“Gene”可跳轉到NCBI網站,查看基因信息,Variable Name這列里則包含不同的類型,有logFC,會有提示“The full name of LogFC is log2(Fold change). The value logFC was generated from gene expression comparison. The subjects of comparison are described in the column Differential Gene Expression (DEG) Comparison.”表示差異分析的結果單位。

 

Melanoma

而且每個疾病下展開的信息都是可以下載的,在列表的最上面的圖標那,點擊Detail則可以展示該基因和研究的相關信息比如:細胞類型信息,疾病資訊和基因信息

Detail

 

數據庫很友好的提高了檢索的功能,點擊網站菜單分類的"Search"的檢索功能,用戶可以輸入疾病名稱,基因名稱或細胞類型來訪問樣本數據中的關聯。下圖顯示了檢索疾病名稱的過程。

 

sc2disease的Search功能

當然最重要的是網站數據庫中每個疾病的基因可進行分析的功能,用戶直接點擊分析功能即”Analysis“,就可以根據DiseaseGene進行分析,找找自己感興趣的基因在疾病的單細胞數據中的差異表達情況。

其中還將單細胞數據和GWAS數據結合起來,展示了GWAS數據中結果顯著的基因在單細胞中的log2FC和GWAS中的Pvalue。用戶可通過點擊“Select disease”的下拉選項來選擇疾病,點擊Visualize可以查看如下圖所示的結果。點擊Display,則可展示一個表格,表格里有GWAS結果顯著的基因以及在疾病的不同細胞里的信息。

 

具體更多的功能就不一一贅述了,當然還有其他更多可以輔助到單細胞測序研究的數據庫工具,比如:Cell BLAST(用于scRNA序列數據查詢和注釋),scTPA(用于單細胞轉錄組分析和注釋),PanglaoDB(單細胞分群注釋marker)等等,后期會陸續更新上來,歡迎大家持續關注我們~

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